新時代的南基
經過多次的蛻變，南雲醫院在民國93年9月1日正式更名為南基醫院，積極建構提供以病人為中心的服務，關懷社區與弱勢族群為宗旨的社區醫院，期待在結合醫學中心的醫療資源下，與南投鄉親共同推動社區醫療及人文發展，建立大南投地區醫療保健的標竿。
古早的南雲
南雲醫院的發展一如南投市的成長般由簡樸而至繁榮，直至現今的規模。
創立於民國76年3月15日的南雲醫院，成立之初，僅由具外科與骨科專科醫師各一人合作，於南投市民權街上租用三層樓的透天厝開設醫院，設置病床二十五床，以專長的外骨科醫術及親切的服務頗獲地方好評。
台灣唯一不靠海的南投向來資源缺乏，醫療資源尤甚，南投鄉親對於醫療的需求，不再僅以醫術來滿足，如不能輔以現代化的醫療設施及專業的醫療團隊，再優秀的醫術也無法發揮功能，就在合作醫師們決定擴展現有規模之時，適逢衛生署為改善醫療資源缺乏的醫療問題，設立醫療發展基金，補助醫療資源缺乏地區之醫療院所發展醫療業務，合作醫師們加入了此項補助計劃，開始了南雲醫院的擴建工程，此時是民國82年—南雲醫院的第一次轉捩點。
84年5月15日新建的醫療大樓落成啟用，南雲醫院由舊址搬遷至現在位於中興路上的新院舍。在診療科別上，由原有的外、骨科，再開設內科、家醫科、放射科、復健科等科別，病床方面增設至92床，除設置一般急性病床外，另設有加護病房、急診觀察床、手術台等為南雲造福鄉里的使命開啟嶄新的一頁。
85年賀伯風災、88年九二一大地震、90年桃芝風災，南雲的硬體設備、緊急救護系統及全院動員能力面對最嚴酷的考驗，一路走來，南雲與所有南投鄉親努力打拼，在每次的重建中，共同創造出南投的新風貌。
民國92年5月—南雲醫院另一個轉捩點—與彰化基督教醫院建立醫療合作關係，透過與醫學中心的合作，提供南投鄉親一個優質、完善、專業的服務，因此於整體就醫服務上也有重大改革措施，包括一、二樓診療空間及五樓病房的整建—提供民眾舒適的就醫環境，資訊系統建構—民眾在南雲即可了解在彰基的診療情形，不需往返奔波，社區醫療群的成立—加入健保家醫試辦計劃，成立水里社區醫療群，提供民眾持續性及可近性的醫療服務。至此，南雲突破既有的局限往前邁進一步。
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